1904年8月，鲁迅从东京到了仙台，在仙台医专学习西医。当时藤野先生在该校任教，负责教授解剖学。藤野先生本名藤野严九郎，生于1874年，是日本福井人。家中世代行医，受家人的影响，他从小立志学医，先后在爱之医学校和东京帝国大学学医。毕业后，应聘进了仙台医专担任解剖学讲师一职。鲁迅到仙台医专时，藤野先生才由讲师升教授两月余，正好担任他的老师。或许就像鲁迅自己写的：“大概是物以稀为贵吧。”由于他是整个学校唯一一个中国留学生，因此受到了先前在东京不曾得到的优待，学校不仅减免了他的学费，老师们还对他的食宿操心不少。
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鲁迅在仙台医专学习了1年，时间并不算长，遇到的老师自然也不算少，可是唯有藤野先生给他留下了深刻的印象，并直到去世前还念念不忘。那么，藤野先生为何让鲁迅念念不忘呢？鲁迅在《藤野先生》中给出了答案。一、订正讲义。鲁迅选择学医，缘于父亲当年重病。当时，鲁迅家境已经败落，父亲的病更成了拖垮家庭的最后一根稻草。由于经济窘迫，他不得不帮助母亲，把家里稍微值钱的东西一趟一趟地送到当铺去，又把拿到手的钱，换成一包一包的中药，希望能使父亲的病得到痊愈。为此，他饱受了不少白眼，尝尽了人间冷暖。然而，就算这样，也没能留住他父亲。在他接触了西医后，认为正是中医延误了父亲的病情，所以他到了日本后，选择了学医。鲁迅上了一周时间的课，便被藤野先生叫到了研究室。藤野先生叫他来的原因：一是担心语言的问题，导致鲁迅无法抄录讲义；另一个原因，就是帮助鲁迅查漏补缺。所以，当鲁迅拿回讲义后，看到藤野先生不仅把他记错的地方订正过来，还把讲义替他作了完善。自那以后，每周藤野先生都会把鲁迅的讲义收去检查一遍。一方面，帮助鲁迅修订错误，另一方面，考查他的掌握程度，如此一直坚持到教完所有的课程。鲁迅自然是“吃了一惊，同时也感到一种不安和感激”。“吃了一惊”是因为藤野先生对学术的认真的缘故。“不安和感激”是为自己“不太用功”的缘故。
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二、解剖实习。解剖实习了一周后，鲁迅又被藤野先生叫了去。原来藤野先生听说中国人是信鬼神之说的，因此一直担心鲁迅不肯解剖尸体。通过观察，藤野先生发现他并没有对解剖尸体产生排斥的态度，因此非常欣慰，为此特意叫了他来，夸赞和鼓励他。由于得到藤野先生的指点，鲁迅在学校的考试，虽没有名列前茅，但也及了格。不曾想，这却让本就歧视清国留学生的日本学生们，认为是藤野先生故意漏题给鲁迅，才使得鲁迅得以及格。藤野先生为了公正，帮助鲁迅找学校斡旋，消除流言。如果说这件事伤害了鲁迅，那么接下来的事情，就让鲁迅再也没有办法继续学习下去了。原来，到第二学年，新增了霉菌学。由于仙台医专没有像样的实验室，通常是以电影的形式来显示细菌。日本为了宣传军国主义，在影片中大多是日本和俄国的战争，通常也是日本大胜的结局。然而在影片中，往往有中国人充当俄国人的间谍，被日本人抓捕枪杀。而且，影片中又通常围着一群中国看客。每当这种镜头出现，日本学生无不连呼万岁，可是电影中的场景却使得鲁迅羞愤不已，又怒其不争。于是明白，中国落后的根源是中国人思想的问题，学医能救人，却不能救人的思想。所以他经过思考，决定用文学改变中国人的“劣根性”。当鲁迅向藤野先生告别时，藤野先生心里是悲哀的。一方面，他为鲁迅不能在医学上坚持下去感到惋惜；另一方面，他同时又同情和尊重鲁迅的爱国心理。
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自此，鲁迅和藤野先生再也没能见过面。那么，藤野先生后来的结局又如何呢？1911年，日本拿出与中国签定的《马关条约》时所获得的巨额战争赔款的部分钱款，在仙台建立了东北帝国大学。仙台医专被合并后，成为东北帝国大学的医学部，到1915年，医学部又分解出来，独立成为东北帝国大学医科大学。学校升级后，藤野先生由于学历不够，不得不主动提出辞呈，离开了任教多年的学校。藤野先生先在三井慈善病院耳鼻喉科做义务医生，后来回到故乡下蕃，做了一名乡村医生。在行医期间，藤野先生的夫人病逝。在朋友的介绍下，他又和文子小姐结为伴侣，并在下蕃开设了耳鼻喉医院。藤野先生一直在医学上非常勤奋努力，因此他不仅治耳鼻喉方面的病症，还为所有的患者治病。由于在他医学上的严谨认真，再加上他医术高明，因此他备受病人的信任和尊重。鲁迅归国后，对藤野先生念念不忘。1935年，《鲁迅选集》日译本在日本即将面世。出版之前，日本出版社征求他的意见时，他再三叮嘱，务必把《藤野先生》收入书中，希冀能通过文章，得到藤野先生的消息。除此外，鲁迅还数次在和日本友人的信函中，提到藤野先生，希望能借助他们打听到藤野先生的下落。然而，由于藤野先生已经离校，谁也不清楚他的去向，所以，鲁迅只能把藤野先生当初分别时送给他的照片钉在墙上，以解怀念之情。1936年，鲁迅的病情已经非常严重了，当时翻译《鲁迅选集》的译者增田涉专程到上海去探望他。鲁迅又向他打听藤野先生的下落，可惜依然没能得到想要的结果。鲁迅悲伤良久后，才缓缓说道：“藤野先生大概已经不在世了吧。”鲁迅去世后，藤野先生的次子藤野龙弥正在福井中学读书。有一次，藤野龙弥的老师菅先生问他，是不是仙台医专藤野先生的儿子？
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