国际病毒分类委员会:新冠正式命名为SARS-Cov-2 ..( 二 )

即使对分类不同生命形式的物种概念一无所知，每个人也都承认另一个人是（相同）智人物种的成员。但是，要将个体生物分类给大多数其他物种，需要专门知识和工具来评估个体之间的差异。 CSG使用了比较基因组学的计算框架，该框架由几个与Nidovirales的分类和命名有关的研究组共享，并由Nidovirales研究组协调。研究小组量化并划分了冠状病毒基因组的开放阅读框1a和1b（ORF1a / 1b）中编码的最保守的复制蛋白的变异（图2A），识别成对的父系距离（PPD）的阈值，将病毒簇区分出不同的级别。图2

严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒（图2B）和Beta冠状病毒属（图2C）物种树中， SARS-CoV-2与SARS-CoV簇聚，其他人也曾报道过。在不同的研究中， SARS-CoV-2与最紧密相关的冠状病毒之间的距离估算值会有所不同，具体取决于测量方法（核苷酸或氨基酸）的选择和基因组区域。因此，研究人员对2019-nCoV的确切分类位置（即SARS-CoV-2）存在分歧。当我们将SARS-CoV-2纳入包括2505种冠状病毒的数据库，并用于ICTV目前正在考虑的最新冠状病毒分类法（2019年5月更新）时，物种组成未受到影响，病毒已分类到严重急性呼吸综合征相关的冠状病毒，详情如下。冠状病毒科的物种分界阈值/界限是由PPD可能超过物种间分界阈值的病毒定义/施加的。由于它们在所有种内和种间PPD总数中的约10-4的微小份额，它们甚至可能无法在基于物种而聚类病毒的传统对角线图中被视觉识别到（图3A）。此外，从分析所有49种冠状病毒物种的2505种病毒的最大种内PPD（图3B），以及该物种的256种病毒的PD可以看出（图4），这些病毒不涉及任何与严重急性呼吸系统综合症相关的冠状病毒物种的病毒。因此，与其他相当好的采样物种相比，例如MERS-CoV ， HCoVOC43和IBV原型化的病毒（图3B），该物种的已知病毒的基因组变异较小，并且这些物种在序列空间中与其他已知的冠状病毒物种完全分离。严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒物种的这两个特征都有助于将SARS-CoV-2明确分类给该物种。图3

图4

SARS-CoV-2的种内PD属于该物种的前25％，并且还包括最大PD ，介于SARS-CoV-2与非洲蝙蝠病毒分离株（SARSr-CoV_BtKY72）之间（图4），代表了严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒种内的两个基础谱系，包含了很少的已知病毒（图2BC）。这些关系与该物种中种类最多的谱系的浅分支相反，该谱系包括在2002-2003年爆发期间收集的所有人类SARS-CoV分离株，以及在寻找与该流行病相关的潜在人畜共患病源过程中，鉴定出的与亚洲密切相关的蝙蝠病毒。（请注意，此进化枝结构易受同源重组的影响，这在该物种中很常见；要使进化枝定义正式化，必须对深分支的病毒取样进行充分改进后，才能对其进行重新研究）。当前的采样定义了人类SARS-CoV的非常小的PD中值， SARS-CoV-2的PD的中值约高于其15倍（0.16％对2.6％，图4）。这一较小的人类SARS冠状病毒的PD中位数，也占全物种PD分布的主要部分（0.25％，图4）。除了最初未能使用SARS-CoV特异性PCR设置检测到疾病的病原体外，系统发育和PD空间中与SARS-CoV的分离也解释了为什么2019-nCoV（SARS-CoV-2）被许多研究人员认为是一种新型病毒。将2019-nCoV指定为SARS-CoV-2 ，并为变体命名提供指导以上结果表明，就分类学而言， SARS-CoV-2（仅）是严重急性呼吸综合征相关冠状病毒物种中的另一种病毒。在这方面，该病毒的发现与21世纪引入人类的另外两种人畜共患型冠状病毒SARS-CoV和MERS-CoV的描述有很大不同（图5A）。该研究小组基于Betacoronavirus属的两个物种和两个非正式亚组的原型，将这两种病毒视为新型病毒，最近被确认为Sarbecovirus和Merbecovirus亚属。由于是第一位，这些病毒及其类群被赋予了新的名称，其来源反映了相应时间的实践和病毒分类的状态（图5B）。这两种情况都不适用于SARS-CoV-2 ， SARS-CoV-2被分配给主要存在于人类和各种蝙蝠中的数百种已知病毒的现有物种。所有这些病毒都具有源自SARS-CoV的名称（直接或通过物种名称），即使只有2002-2003年暴发期间收集到的人类分离株被确认会导致受感染的个体感染SARS 。因此，所有这些病毒名称中对SARS的引用（结合公共数据库中特定前缀，后缀和/或基因组序列ID的使用）承认相应病毒与从SARS患者中分离出的病毒，例如SARS- CoV-Urbani ，而不是将此病毒与人类的特定疾病（即SARS）联系起来。根据该物种的病毒命名惯例以及SARS CoV-2与物种树和距离空间中SARS-CoV原型的相对较远的关系（图2B和4）， CSG将其名字由2019-nCoV改为SARS-CoV-2 。图5