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|新冠D614G突变席卷全球：感染力超2.6倍，与毒性无关( 二 )


|新冠D614G突变席卷全球：感染力超2.6倍，与毒性无关
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这三位学者提到 ， Korber等人的新研究是这场争论的核心 。 “他们提供了令人信服的数据 ， 表明大流行早期出现病毒S蛋白D614G出现了氨基酸变化 ， 而携带G614的病毒现在在世界各地占据主导地位 。 ”但他们提出 ， 关键的问题是：这是否是自然选择的结果 ， 以及这对COVID-19大流行意味着什么？ 他们认为 ， Korber等人提供的这些数据并不能证明G614比D614病毒更具传染性或更易传播 。 “D614G对COVID-19大流行的潜在影响（如果有的话）仍存在许多问题 。 ” “早期预警”：追踪新冠病毒S蛋白进化 论文提到 ， 此前已有研究提出 ， 冠状病毒有遗传校对机制 ， 而SARS-CoV-2序列多样性非常低 ， 然而 ， 自然选择仍然可以对罕见但有利于病毒的突变起到作用 。类似的情况是 ， 抗原漂移（antigenic drift）导致流感病毒在流感季节逐渐累积突变 ， 免疫抗性突变和适应性之间复杂的相互作用使抗体抗性在人群中发展 ， 这也就推动了每隔几个季节就需要开发新流感疫苗的需求 。 更长的流感季节则增加了选择压力的机会 。所谓的抗原漂移 ， 指的是病毒通过改变自己的基因 ， 让蛋白的序列和结构改变 ， 从而使得原本有免疫力的人识别不了 。 论文指出 ， 虽然SARS-CoV-2显示出一些季节性减弱的迹象 ， 但大流行的持续存在可能使即使研制出疫苗 ， 病毒也会积累与免疫相关的突变 。目前已知的是 ， 普通的感冒冠状病毒OC43、229E ， 甚至SARS-CoV-1Z中 ， 都存在抗原漂移 。 虽然目前尚无证据表明SARS-CoV-2存在抗原漂移 ， 但随着广泛的人际传播 ， SARS-CoV-2也可能获得具有适应度优势和免疫抗性的突变 。研究团队认为 ， “现在就关注这一风险可能能够抓住病毒的重要进化转变 ， 这对于确保疫苗和免疫治疗干预措施在进入临床时的有效性非常重要 。 ” 目前 ， 全球针对SARS-CoV-2的疫苗大多靶向S蛋白 ， 从而获得保护性的中和抗体 。 S蛋白介导病毒和宿主细胞结合并入侵 ， 它由S1结构域和S2结构域两部分组成 ， 分别介导受体结合和膜融合 。大多数SARS-CoV-2免疫原和检测试剂都是基于武汉参考序列的S蛋白序列 ， 第一代抗体疗法也是基于早期大流行感染开发的 ， 并使用武汉参考序列蛋白进行评价 。 然而 ， 研究团队提出 ， 病毒在人与人之间传播时的改变可能会改变病毒的表型和基于免疫的干预措施的效力 。因此 ， 研究团队认为有必要提出“早期预警”策略 ， 以评估大流行期间的S蛋白进化 。 也就是在新冠疫情发生之后 ， 洛斯阿拉莫斯国家实验室艾滋病毒数据库团队转向了新冠研究 ， 他们将“全球共享流感数据倡议组织”（GISAID）数据库中SARS-CoV-2序列数据作为基准 ， 开发了一项生物信息分析软件 ， 追踪在许多地理区域频率增加的SARS-CoV-2 S蛋白氨基酸变异 。D614到G614的转变首先发生于欧洲 ， 现已成为全球成为主要形式 在这项研究中 ， 研究团队分析了GISAID数据库中28576个（截至5月29日）S蛋白序列 。 由于S蛋白突变仍然是较少的 ， 研究团队设置了S蛋白突变的低阈值 ， 被视作可进一步追踪的“兴趣位点” 。 当研究团队发现和武汉参考序列之间存在0.3%的S蛋白序列差异时 ， 他们就监测其在地理区域随时间增加的频率 ， 以及在不同地理区域反复出现的情况 。在这项研究中 ， 他们展示了第一个氨基酸变异的结果 ， 即D614G 。 S蛋白D614G氨基酸改变是由武汉参考毒株23403位点的G-A核苷酸突变导致 ， 它是研究团队在3月初的第一次S蛋白突变报告中唯一追踪到的符合他们低阈值设置的突变 。当时 ， G614的形式在全球还很少见 ， 但在欧洲越来越突出 ， 而GISAID也追踪到了携带D614G分支 ， 并将其命名为“G支” 。 D614G突变几乎总是伴随着其他3个突变：5’UTR的C-T突变（对应于武汉参考序列的241位点)、3037位点的C-T沉默突变、14408位点C-T突变（导致RNA依赖的RNA聚合酶RdRp氨基酸变化） 。


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