已知探针序列或cDNA序列,咋查找mRNA序列。求数据库或方法?

乍一看竟然不知道该怎么做,仔细想想,问你已知什么的探针和cDNA?如果是array,可以根据探针的序列找探针的编号,这个存在array的注释文件里,有探针的编号就能知道探针对应了什么;如果是NGS的探针,那就没用,因为每一个read的探针都一样;然后cDNA是哪里来的?NDS的cDNA库么?那不就是reads?是转录组的还是全基因组的?不管是哪个,都得先组装。转录组的组装完就是mRNA,不过没有utr之类的部分啦,如果有reference genome,查对应位置的注释就有mRNA的信息了;没有reference genome,组装出来的的结果就是最终结果,BLAST一下或者找软件注释一下就是知道什么了;如果是全基因组的方法跟上面差不多。
■网友
打电话给康成生物技术支持,索要Arraystar 人lncRNA 芯片Ver 2.0 中ASHG19A3A049457 的全部注释信息。这个问题你问谁都没用,详细的注释,没有公开。GEO上的Platform介绍是个摆设。


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