第二部分机构是六科。每科监察行政主体六部中的一个部，对应吏部的给事中就是吏科给事中，同样还有户科给事中、礼科给事中等。每科给事中有若干人，为首者称都给事中。六科具有封还上谕和驳正高官的特权∶凡是圣旨有"未便施行之处"，六科可以原封交还，或者内阁票拟错误、堂官督抚又没有办理的圣意，六科可以驳正。此外，六科稽查政务，考核有关衙门的行政效率。中央公开的政令，六科都会先登记，然后发往相关部门处理，到达期限之时，六科还要跟踪政务有无按期办妥。六科的第一大块职能，从唐代门下省的驳议职能演变而来；第二大块职能，类似于现在的行政绩效办公室。
明清都察院还直接参与京城的管理。比如，清代的北京城分成东西南北中五个区，都察院分派御史巡城，承接诉讼、缉捕盗贼、纠察官吏，设立了巡城御史公署，也称五城都察院。这些御史专门负责京城的治安和监察工作，民间俗称巡城御史。公署下设一个兵马司，兵马司里面有兵马司指挥和副指挥。同时，巡城御史公署还开设了粥场、栖流所、育婴堂，北京城里无家可归的弃婴、乞丐可以寻求救济。
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都察院的监察范围还追求"无死角覆盖"，另设有宗室御史处，负责监督宗人府对王公大臣和宗室成员的赏罚，并稽查宗人府的钱粮册籍；稽查内务府御史处、内务府各部门的钱粮账册，紫禁城宿卫情况。现在北京北海公园的东门门口，就有晚清的稽察内务府御史处遗址，处于北海和景山之间，方便监察内务府和紫禁城。
【明清机构之都察院：劝谏皇帝只是一个笑话，全方位无死角监察百官】以上就是都察院的职责，至于监察的实效如何，就另当别论了。
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