生物技术■Nat Biotech | 新研究系统性比较单细胞和单核RNA测序方法
作者丨小柯
本文插图
【生物技术■Nat Biotech | 新研究系统性比较单细胞和单核RNA测序方法】
美国麻省理工学院和哈佛大学博德研究所Joshua Z. Levin团队对单细胞和单核RNA测序方法进行了系统比较 。
2020年4月6日 ， 《自然—生物技术》在线发表了这一成果 。
近年来 ， 单细胞RNA测序方法的规模和能力迅速扩展 ， 从而实现了重大发现和大规模的细胞作图工作 。
但是 ， 这些方法尚未得到系统和全面的基准测试 。
研究人员直接比较了用于单细胞和/或单细胞核测序的七种方法 ， 包括两种低通量方法和五种高通量方法 。
研究人员在三种类型的样品上测试了这些方法：细胞系、外周血单个核细胞和脑组织 ， 并在6个独立实验中获得了36个文库 。
为了直接比较方法并避免现有流程引入的处理差异 ， 研究人员开发了scumi ， 这是一种灵活的计算流程 ， 可与任何单细胞RNA测序方法一起使用 。
研究人员评估了这些方法的基本性能 ， 例如读数的结构和比对、敏感性和多重峰的范围 ， 以及它们在样品中重复已知生物学信息的能力 。
相关论文：
https://www.nature.com/articles/s41587-020-0465-8
小柯报道：
http://news.sciencenet.cn/htmlpaper/2020/4/202041210133853655777.shtm
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