中科院最新研究：华南海鲜市场不是病毒始发地

华南海鲜市场的新冠病毒来自其他地方，这个结论有了基于基因序列的证据。 DeepTech深科技 2020/02/22 13:35浏览 46.8w字体：宋

图片来源：新华社文 |DeepTech深科技（id:deeptechchina）孙滔华南海鲜市场的新冠病毒来自其他地方，这个结论有了基于基因序列的证据。中国科学院西双版纳热带植物园的研究人员在分析 93 个新型冠状病毒样本基因组数据后发现，基于 120 个变异位点得到 58 种单倍型（基因类型）中，来自华南海鲜市场患者样品单倍型与 H1 有关，而作为更古老的基因类型样本 H3、H13 和 H38 则来自华南海鲜市场之外。这印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。

(图 | 新型冠状病毒 58 种单倍型的演化关系和地理分布格局（A ， B），单倍型之间的可能演化关系（C），以及新型冠状病毒的可能传播和扩散路线（D）；A 和 B 圆圈中的数据是样本数量（来源：郁文彬）这个研究印证了此前 1 月 24 日发表在《柳叶刀》的研究结论，即追踪第一批 41 个确诊病例发现，这批最早在 12 月 1 日报告的病例中，总共有 13 个病例与海鲜市场无接触史。也就是说，病毒在进入海鲜市场之前就已经潜入武汉居民的生活中。这个研究由中国科学院西双版纳热带植物园郁文彬联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员进行，于 2 月 19 日发表在中国科学院科技论文预发布平台 ChinaXiv 上。作者认为，确定海鲜市场是不是病毒发源地对于寻找病毒的来源，以及确定中间宿主，对疫情的控制和避免再次爆发具有至关重要的意义。全基因组数据分析溯源

图 | 跨越 8 个编码区的 120 核苷酸突变分析（来源：郁文彬）郁文彬对 DeepTech 解释说，这是一种基于种群遗传学的分析方法。一种基因型不等于一个患者，一种新冠病毒单倍型携带者有可能是多人，甚至可能是上百人，比如 H1 单倍型就对应了 19 个样本，但是可以通过这个来溯源，因为某个单倍型患者意味着可能是来自同一个源传染。研究人员收集了全世界各领域共享到 GISAID EpiFluTM 数据库中的 93 个新型冠状病毒样本的基因组数据（截止 2 月 12 日），覆盖了四大洲 12 个国家。其中有 39 个样本来自 11 个国家的感染患者，编码了 31 个单倍型。来自中国的 54 个样本也编码了 31 个单倍型。他们通过全基因组数据解析，追溯传染源及扩散路径发现，收到的 93 个样本包含 58 种单倍型，而 58 个单倍型中， H13 和 H38 是比较“古老的”单倍型，两者通过单倍型 H3 衍生出了单倍型 H1 。值得注意的是，与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是 H1 及其衍生单倍型，而一份来自武汉样品的更“古老的”单倍型 H3 则与华南海鲜市场无关。作者结合第一批患者报告信息，以及种群扩张时间分析结果，作者推测华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来，在市场中发生快速传播蔓延到市场之外。作者还推测，单倍型 H13 和 H38 通过一个中间载体与蝙蝠冠状病毒 RaTG13 关联，这个中间载体 mv1 可能是一个祖先单倍型，也可能来自中间宿主或者“零号病人” 。 “古老的”单倍型 H13 和 H38 的病毒样品分别来自深圳的病患（广东首例）和美国华盛顿州的病患（美国首例）。他们的旅行记录表明 2019 年 12 月底至 2020 年 1 月初都来过武汉。为什么有 2 个“古老的”单倍型呢？郁文彬对 DeepTech 解释说，其实 H13 和 H38 ，以及 H3 ，它们两两之间只有 1 个核苷酸位点的差异，有可能是衍生到 H3 后，发生了一次转换的回复突变，衍生到另外一种基因型基因型。并且两者都是同义突变，即该突变不影响基因表达的结果。这就意味着 2 个“古老的”单倍型极为接近。现有武汉样本中没有检测到 H13 和 H38 单倍型，作者推测可能是因为现有样品主要采自几家定点医院，而且样品采集时间局限于 2019 年 12 月 24 日和 2020 年 1 月 5 日。那么，如果能在武汉其他医院早期的病患中检测到这两种单倍型，将对于寻找病毒来源非常有帮助。对于单倍型 H3 ，其武汉样本的发现时间在 2020 年 1 月，但这并不意味着其基因型更“年轻” 。郁文彬解释说，可能是因为病毒在被传染到这位携带者身上没有发生变异，或者很早传染到这位患者，只是没有发病。追踪“零号病人”