啥工具比GATK快 我觉得跑的太慢了……难道是我一个人这么觉得
samtools mpileup + bcftools这一套用的是最大似然，所以比GATK的贝叶斯法快不少。另外GATK出4了，速度比现在的提升了三倍左右，可以尝试下。最后推荐一款收费的，sentieon，速度非常之快，原理看上去像是…用C重写过的GATK
■网友
用Sentieon 是唯一正解。首先从结果的准确性而言，GATK是最好的。金标准啊，其它的就都不要想了。但是性能而言简直是浪费金钱和生命啊。就像你说的，等GATK跑一个30x 全基因组都够我往返旧金山吃一碗泡面了。再说说GTAK4。GATK4搞了两年了还是不太稳定啊。这个版本全部取消了多线程，让用户自己去切分做多进程。还是不好搞啊。Sentieon结果完全匹配GATK，速度10倍以上，准确性和速度双保证。另外，GATK和Sentieon在客服上没法比啊。商业软件是要花钱的，但是我听到的无不说超值。你真的想三天两头跑到旧金山吃泡面？？
■网友
【啥工具比GATK快 我觉得跑的太慢了……难道是我一个人这么觉得】 sentieon 啊，benchmark比gatk快10-20倍据说。
虽然是商业软件，但是因为在推广，所以如果是学术使用的话，大胆跟他们公司联系吧。
■网友
目前最新的GATK4.0加入了Spark分布式计算模式，emmm虽然官方文档还没出来，但是看原理的话应该是原生支持多线程的，等官方正式上线吧！
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