怎样提取blastx的query的DNA序列
这个只能自己截，也不难，不需要换算什么的：
HSP上面有query start和query end，上面的坐标是相对于query的核酸序列的。你把这个读出来，然后直接在query序列上面砍出来就好了。
要注意比对上的是在正链还是负链。
【怎样提取blastx的query的DNA序列】 也不需要非得XML输出。bioperl、biopython什么的，应当都能解析blast默认的那个文本输出格式。
■网友
query对上的东西叫target，我理解的是你想要target的DNA序列。那么这个时候你就不需要看xml，用输出格式6然后转成bed，用bedtools直接把你要的DNA从原文件中提出来就完事了。
■网友
当年自己写过perl程序，从blastp结果中提取蛋白序列，稍加修改就可用于blastx，需要的话联系我
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