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cytoscape绘制网络图，导入数据的要求有哪些

最简单的方法：用tab分割的纯文本文件。描述边的文件可以是每行一个边，tab分割的两个token分别是from顶点和to顶点。注意导入的时候选择正确的列映射。并且去掉“第一行是属性标题”这一选项，不然它会认为你第一行是标题而不是内容，你会凭空少一个边。然后再弄几个tab分割的纯文本描述顶点属性和边属性，ID对上就行。
■网友
0赞8回复惨案
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第一个答主一看就是编程底子深厚啊，我提供一种简单的方式。我的数据一般是txt文件，做成两列，每一列都是基因名称，同一行表示有互作关系（这是准备画无方向网络图的，如果是要画有方向网络图则第一列是上游基因，第二列是被调控的基因）。如果是有调控强弱系数，就放在第三列。
然后file-\u0026gt;import-\u0026gt;network-\u0026gt;file..选择你的txt文件，打开后如图
【cytoscape绘制网络图，导入数据的要求有哪些】 cytoscape绘制网络图，导入数据的要求有哪些

就是从弹出来的窗口选择，source interaction选择第一列基因，targets interaction选择第二列基因，（中间的interaction type选择调控系数）然后点击导入，选择有向网络或者无项网络，初步的网络图就做出来了。
cytoscape绘制网络图，导入数据的要求有哪些

可以通过cytoscape自带的network analysis包，或者安装其他的包来对这个网络进行一定的分析或者形状改变，这点挺像R的。
最后，调控关系并没有显示，而是作为边的属性存在，所以可以根据这个属性值，显示成粗细不同，或者做一个筛选，等等。（这个我没做过，但是属性值看到过，肯定有包是可以的。）
好，就是这样，欢迎批评指正，新手，求轻拍！

■网友
兄弟，你现在弄好了吗？我愁死了，该怎么用cytoscape去打开xgmml文件


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