QM/MM方法存在的优势及其发展以及连接原子的处理。
第一个问题太general了，找几篇相关的综述看看introduction部分就行。我简单回答一下第二个问题。link atom现在主要是两种处理方法，加原子和加轨道。加原子就是在QM-MM边界上用虚原子（通常是H）把QM那边的原子cap住。当然，这个虚原子和普通的原子不一样，需要做一套特殊的参数，具体细节请查文献，印象中最早是Karplus做的，然后Weitao Yang也发展过此方法。加轨道则是用几个local的轨道来描述跨越边界的共价键，其中较常用的GHO方法是给边界上的MM原子人为地加上4个sp3杂化轨道，其中指向边界另一端QM原子的那个轨道参与QM区域的SCF计算。当然也有很多technical details，具体请查阅Jiali Gao的文献。
■网友
【QM/MM方法存在的优势及其发展以及连接原子的处理。】 优势就是能算得比较大。目前的发展趋势是强行考虑周期性边条件。日本的Shiga跟我聊天的时候说他们有个好方法可以把周期性边条件比较严格的加上。目前还有一种mechanic/electronic混合的办法。不过终于可以再也不用球形边条件啦。还有就是adaptive QM/MM也是一个研究方向，据我隔壁的人说他可以实现配体结合时，QM区域跟着配体走，把配体跟蛋白相互作用算明白。链接原子的处理历来有两种办法：堵上一个氢原子，或者搞一个赝势。堵原子的办法会造成系综原子数不守恒、人工增加的原子附近的原子行为不正确等问题，趋势是堵上赝势和赝波函数。加力老师的X-Pol很有前途。目前QM/MM算free energy还是有些问题，基本上是拼机时 vs 拼大脑 vs 拼人品了。
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