生信平时的工作都是啥呢真的是机械化的么
说脚本都是写好的,你只要跑就行,三年下来除了那点大家都会的东西,什么自己的也学不到为什么不去成为写那些脚本的人?在实验室里,自己不努力去学,就知道用现成的,变成废柴不能怪别人。
■网友
不是
回实验室第一样工作就是写自己的ChIP-seq分析流程,哪有现成的给你用- -
生信也不光是跑脚本啊,计算生物学和生信的边界很模糊,算法开发也是生信重要的一部分。能做数据挖掘只能算会搬砖,提高挖掘的效率,或者可以挖出来新东西,才算是合格的生信攻城狮
既然你已经定导,我的建议是不要在生物实验室做生信,那你只会被别人当工具。生物工作者和生信工作者的沟通有天然的问题,好比设计师的甲方一样难搞,总有一些“无厘头”的要求。在他们眼里很有可能你就是个“会画图”或者“会跑数据”的,做不得项目的主导,一作更是遥遥无期....
■网友
专门做生信的实验室,应该会有写好的脚本,不过一般都是针对常规处理,如高通量数据的质控、比对等。如果项目不是很特殊,可以直接套用。有脚本的好处,不只是让你去跑;而是提供了一个很好的学习平台,通过运行、阅读或适当修改脚本,在前人的基础上进行有目的的学习。做完了这部分分析,不只是完成了任务,也学会了别人怎么写脚本、怎么处理数据,也就可以完成生信的入门了。
到了后面,每个项目的分析都是个性的。都需要自己在分析、理解了需求和目的后,不断尝试探索,去获得后续的结果,绘图展示,并通过多种方法来验证。这部分一般没有现有的脚本,需要自己编程整合。
另外生信也不只是脚本,或者说脚本只是一小部分。更多的跟生物科研一样,都需要好的科研问题、科研思维方式。
【生信平时的工作都是啥呢真的是机械化的么】 脚本是我们去实现科研目的操作的一部分,我们希望是把机械的这一部分自动化,交给计算机来做;我们去做个性化的。个人认为生信的工作不是机械化,是去机械化。
■网友
然而所有学科的绝大多数工作都是花样用工具。
■网友
你们老师没错啊,11G也有计科硕士啊。本来就是这样,会用个工具就叫生信,那我随便找个高中生培训一下都能当脚本狗。你连脚本狗都不如,那我真是无话可说了。只是脚本狗就麻烦不要自称生信了。你要本科真的学了那些玩意,自己写一个blast是没有问题的,一个把O(NM)优化到log级别的算法,自己实现一下,看看实现的路上有哪些坑,再对着书去看。本来信息学重复成本低,你学一个工具,自己实现一轮就知道自己会不会了,又不像生物,学一个技术还要做实验才知道坑点在哪。
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