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使用R分析基因芯片时（想做差异表达基因），出现了问题,不懂咋解决，求大神指点

你好，我也遇到类似的问题，好像是GEO的ftp地址更换了，它的getGEO函数没有改，所以，解决方案是，你可以把GPL的gz文件下载到本地，比如您这个case中的GPL16699的地址为如下，可以用wget下载到本地，然后放到一个文件夹。或者改geoGEO的函数，这个我还没试过，你可以试试。
比如：
下载 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov:21/geo/platforms/GPL16nnn/GPL16699/soft/GPL16699_family.soft.gz
到本地；
然后解压缩，在getGEO(GSE,destdir=\u0026#39;XXX\u0026#39;)中的XXX就是GPL所在的文件夹就可以了。
另外，GPL的文件一般比较大，也可以在GEO网站，下载GPL的table，再把table读入R就可以了，比如：
tmp \u0026lt;- read.delim("ori_data/GPL13607-20416.txt",stringsAsFactors = FALSE,comment.char = "#")

■网友
可以再geo网站上下载数据到本地，再在本地导入R。
首先访问页面
GEO Accession viewer
然后点击这个链接下载
使用R分析基因芯片时（想做差异表达基因），出现了问题,不懂咋解决，求大神指点

将下载的tar文件存在本地，然后解压文件夹
tar -vxf GSE5755_RAW.tar然后打开R
# include package library(affy) # load cel file cels = list.files("GSE5755_RAW/", pattern = "CEL") raw.data=https://www.zhihu.com/api/v4/questions/57573839/ReadAffy(filenames=cels,celfile.path="GSE11428_RAW/") # normalize the data use rma methoddata.rma.norm=rma(raw.data) data=https://www.zhihu.com/api/v4/questions/57573839/exprs(data.rma.norm) 这样你就得到了芯片的表达量结果啦。
由于芯片cel文件提取的数据和GEOquery代码用得到的数据还不一致，是没有经过芯片间标准化的，所以需要自己标准化一下。
#你的方法得到的data是已经标准化后的数据library(GEOquery)mygeomat \u0026lt;- getGEO("GSE5755", GSEMatrix=TRUE)data\u0026lt;-exprs(mygeomat]) 【使用R分析基因芯片时（想做差异表达基因），出现了问题,不懂咋解决，求大神指点】 希望可以帮到你。

■网友
网页下载到本地就行了……array express，你值得拥有
■网友
自己下载吧我一般把他的soft file 一起整下来、里边有所有的 annotation


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