目前有没有好用的RNASeq的pipeline呢?
你需要做什么，就在sh脚本里把什么写成管道不就行了，目前最好的软件就是tophat和cufflinks组合了，就算有其他好点的pipeline也是整合的这两个软件，差点的就很老了也不适合分析现在的高通量数据比如你要分析差异表达，就tophat \u0026lt;argument\u0026gt;... | cufflinks \u0026lt;argument\u0026gt;... | cuffmerge \u0026lt;argument\u0026gt;...| cuffdiff \u0026lt;argument\u0026gt;...自己写个pipeline也不怎么费事吧
■网友
1.GALAXYNGS: QC and manipulation中根据sequencing platform进行：QC，Trim，GroomNGS: RNA Analysis中：用tophat进行mapping，cuffmerge（可跳过），cuffdiff2.Linuxtophat进行mapping，cuffmerge（可跳过），cuffdiff以上是非常常用的pipeline，但是在具体操作时需要根据sequenicng的质量及所研究的问题来调整参数，如：是否需要trim reads，可以允许几个错配，是否允许gap，是否允许非特异性mapping；需要挑选mapping的database；需要拼接还是完全根据已annotate的refseq。。。
■网友
给你推荐一篇protocol，可以参阅以下。Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks
■网友
目前没有一个完整的pipeline，因为物种、测序方法以及实验目的和需求都是不同的。你可以根据自己的分析目的，写个脚本把你需要的分析软件串起来（那也可以发个小文章了）。比如质量处理的fastx-toolkit、bowtie、tophat、cufflinks等。
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