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生物信息学中，基因组学、蛋白组学、代谢组学差别有多大( 二 )


不过，对于科研来说，因为全外显子测序覆盖的相对最为广泛，所以基本上做的都是全外显子测序。

其实，代谢组学也存在同样的问题，不可能用一种方法检测所有代谢物。
比如，脂质因为大多数为疏水性质，常规的代谢组学只能检测一小部分极性较大的脂质，非极性脂质只能用另外的方法提取。2003年有学者正式提出“脂质组学”的概念后，脂质便成了一个独立的组学分支。
而脂质不止对维持机体稳态极其重要，他们的结构也异常复杂，一般的脂质组学检测方法也不能覆盖所有的脂质。
比如氧化脂质（oxylipin）的含量低、同分异构体繁杂、易发生氧化，用常规的脂质方法检测不能有效反应样本的真实状态，但是它对机体的生理活动又起着非常重要的作用，有的氧化脂质可以抗炎，有的可以促进炎症的发生，还有的可以抗血小板聚集、影响血管收缩、抑制异常血管增生、影响淋巴细胞的抗免疫作用等等。为了研究清楚它们的重要作用和潜在应用，挖掘更多有价值的信息，也就有必要建立一套特异性的检测方法。
还有其他很多类型的代谢物比如短链脂肪酸、氧化磷脂等等，都是需要单独开发特定的方法才能检测到。和基因检测一样，想要针对性的检测到自己关注的物质，那就选择合适的检测方法吧。

总之，不同组学之间，既相互独立，又互相影响，既有很大的差别，又有相似之处。

如果有不同看法交流，欢迎私信！

■网友
因为测序高度自动化了，而且基因组足够大，snp浩如烟海，各种缺失插入多如牛毛，30亿个碱基足矣形成一个超大规模的算卦系统，养活几万个神父，在中国这个神迹昭彰的国度人口基数这么大，总有傻屌付钱，这些神父们每天算算卦还能过的比天桥下他们的前辈体面的多。
而蛋白质表达还是代谢跑质朴，自动化程度并不好，而且就一个组织的表达谱差异很小，神秘空间不够大，很难构建复杂的算卦系统，自然养不活神职人员。

■网友
谢邀。我是做蛋白质组学的。其一，基因组学比蛋白质组学起步的早，代谢组学起步比蛋白质组学还要晚，所以做的人可能没那么多。其二，就蛋白质组学来说，仪器贵，试剂贵，可能也是一个影响。其三，蛋白质组现在应用的是shotgun技术，不能获取蛋白质组的全部信息。另外蛋白还有isoform，翻译后修饰等，导致了蛋白质组信息量巨大，而且目前也没有手段获取全部这些信息。所以这些可能导致了做生信比较麻烦。其实有，比如计算所就有专门的生信团队做蛋白质组学
■网友
为什么经常见到基因检测、二代测序等等基因组学相关问题，很少能见到做蛋白组学和代谢组学的生信人？因为基因组好测，不管样本制备还是测序过程都比后两者容易得多。
蛋白质直接测序，读长和通量都比基因组差很多吧？

■网友
【生物信息学中，基因组学、蛋白组学、代谢组学差别有多大】 这个问题很复杂，我只提其中的一点，数据来源不同。测序技术决定了以测序为基础的基因组学信息分析所研究的对象直接是序列，而蛋白质组学和代谢组学的数据来源一般是质谱或者核磁共振，这些仪器都无法直接提供序列信息，从质谱或者核磁共振谱中解析出序列信息也是这两个组学的重要组成部分，这就使得这几个组学的研究重心有所区别，而获取序列之后的分析这几个组学其实是有很多共通之处的。


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