同一物种的转录组能100%地比对上基因组吗
不会，对于多细胞生物，某些组织在其生命周期内都不会表达某些基因。对于人来来说。一般的组织，其RNA-seq数据在18000多个基因中有10000多个有表达（见图B），其他都是0. 人类大部分类型的细胞都表达的基因有8000个左右（见图C）。对于所有生物，其基因也不是在生命周期内都表达的（见图E）。试想你有一个工具库。当需要拧十字头螺丝的时候你不会掏出来一字头。锯木头的时候你不会掏出来电笔。生物里很多基因是在某些条件下才大量表达的。 【同一物种的转录组能100%地比对上基因组吗】 
（10.1371/journal.pcbi.1000598）即便基因表达，转录后的编辑普遍存在于生物中。例如可变剪切，以及碱基的改变。所以，现在从转录组反过来获取的基因组的应用有限，主要应用在一些比较原始的细菌中。
■网友
理论上来说应该可以，最求目标100%匹配，实际操作不可能。举一个简单的例子，但在某时间点取某特定样本，某些基因可能不表达或者表达量极少。在比对的时候就有可能被程序忽略掉，最终结果就是无法100%匹配。
■网友
通常来讲，不可能。即使不考虑测序错误，转录之后会有各种编辑，特别是高等生物。而且，由于RNA操作的困难性，转录组的覆盖率经常会有问题。或者说，你很难得到完整地覆盖CDS的转录组序列。
■网友
理论上是可以的。但实际上会有很多问题导致无法达到100%(1)基因本身发生变异。发生在编码基因上的SNP和InDel会导致转录本无法100% map到参考基因组上。(2)软件算法的差异会导致转录本序列没办法完全比对到参考基因组上。
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