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怎样从氨基酸顺序预测蛋白质功能( 四 )


怎样从氨基酸顺序预测蛋白质功能

AlphaFold参加了CASP13的humans and servers组，第一次参赛就一鸣惊人，获得冠军并甩开第二名好多。
怎样从氨基酸顺序预测蛋白质功能

在蛋白质结构预测领域，活跃着很多华人学者，比如密西根大学张阳团队在servers only组获得七连冠CASP7~CASP13，14年霸主地位！ （I-TASSER (as Zhang-Server) and QUARK from Zhang Lab）。大家可以围观一下张老师实验室的机房以及张老师在清华的一个访谈。另外，芝加哥大学的许锦波团队开发的RaptorX在每届的CASP上也取得了不错的成绩。国内方面，中科院计算所的卜东波老师和上海交大的沈红斌老师也有相关的研究。
怎样从氨基酸顺序预测蛋白质功能

OK，以上就是有关“蛋白质结构预测”这个问题的入门介绍，由于本人并非研究这个领域，理解有误的地方还请大家指出。最后，在入门这个领域时，我查了很多资料，上面的图片也都来自网络并注明了出处，下面汇总列出供大家参考：蛋白质结构基础知识：
维基百科：https://en.wikipedia.org/wiki/Protein_structure俄勒冈州立大学课程General Biochemistry BB 450/550：http://oregonstate.edu/instruct/bb450/450material/schedule450s17e.htmlcsbsju课程Biochemistry Online：http://employees.csbsju.edu/hjakubowski/classes/ch331/protstructure/olunderstandconfo.html蛋白质：http://refer.biovip.com/doc-view-334.html肽键平面动画：
https://www.sciencephoto.com/media/639617/viewhttps://employees.csbsju.edu/hjakubowski/classes/ch331/protstructure/pp180to0.gifhttps://employees.csbsju.edu/hjakubowski/classes/ch331/protstructure/pp0to180.gifhttps://www.youtube.com/watch?v=Kewhg5spUjshttps://www.youtube.com/watch?v=meNEUTn9Atg蛋白质结构预测入门综述：
蛋白质二级结构预测方法的评价（唐一源，计算机与应用化学）：http://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTotal-JSYH200306003.htm蛋白质结构预测（张阳，物理学报）：http://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTOTAL-WLXB201617012.htm蛋白质三级结构预测算法综述（卜东波，计算机学报）：http://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTOTAL-JSJX201804002.htm基于深度学习的八类蛋白质二级结构预测算法（杨伟，计算机应用）：http://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTOTAL-JSJY201705054.htm蛋白质结构预测：梦想与现实（卜东波，信息技术快报）：http://chinaxiv.org/user/download.htm?id=6478蛋白质结构预测团队：
DeepMind：https://deepmind.com/blog/alphafold/密西根大学张阳团队：https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/芝加哥大学许锦波团队：https://ttic.uchicago.edu/~jinbo/哈佛医学院Mohammed AlQuraishi：https://scholar.harvard.edu/alquraishi中科院计算所卜东波团队：http://bioinfo.ict.ac.cn/~dbu/上海交大沈红斌团队：http://www.csbio.sjtu.edu.cn/
■网友
首先，需要指出的是，在下默认为题主说的是氨基酸测序后通过预测高级结构分析蛋白质功能。因为，作为一个搞蛋白质功能研究的人，我可以很肯定地说，能通过一级序列预测蛋白质功能的人或者机器或者软件或者方法还没有问世。那么，实验室一般怎么做呢？得到序列做实验之前，我们会选择通过在线服务预测一下二级结构，比如phyre2，提交一级序列后平台就会refer to PDB，寻找已知诸多蛋白结构中与提交序列里相似的部分，比如标志性的motif。接下来，我们就会得到平台提供的二级结构预测的结果。这个结果里有些是比较可信的，有些不怎么肯定。分析二级序列后，我们会选择一些感兴趣的部分，截断，分子克隆，表达，纯蛋白，结晶，生化实验，x衍射，解结构…得到蛋白质的结构和功能，甚至功能的决定性氨基酸位点。这一切，都建立在别人的研究成果上，也就是说，他人已经对这个基因，这个蛋白，有了初步的描述。所以，题主如果真的要问如何预测蛋白质的功能，我想说的是，所有蛋白质的功能都是先“发现”，后“确认”或者“更正”的。“预测”，只是我们在拿到课题时，让自己能更有底的自欺欺人而已。因为如果和生物有关的东西能预测，又怎么能叫“生”物呢？


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