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[微生物]新研究：新冠患者病毒存在快速进化风险，需更多序列追踪进化( 二 )


[微生物]新研究：新冠患者病毒存在快速进化风险，需更多序列追踪进化
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研究团队指出 ， 尽管在多态性或宿主内变异中均未发现任何突变热点基因（突变几率较高的碱基序列） ， 但观察到不同个体之间共有宿主内变异 ， 这暗示着病毒在患者体内适应性进化的可能性 ， 这可能会影响其抗原性、毒力和病毒的传染性 。
值得注意的是 ， 患者新冠病毒基因组可能高度多样化 ， 这在其他病毒中也能观察到 。 高多样性可能会增加病毒种群的适应性 ， 使其难以消除 。 需要进行进一步的研究 ， 以探索这可能如何影响对病毒的免疫反应 ， 以及在人体或在传播过程中是否存在对不同毒株起作用的选择 。
没有证据表明样品之间宿主内部变异的传播
在八名新冠病毒感染者中 ， 感染者四（nCoV4）和感染者七（nCoV7）来自同一家庭 ， 症状发作的日期相差五天 。 高度怀疑病毒由感染者四传染给感染者七 ， 特别是考虑到只有感染者四曾进入武汉华南海产品市场 ， 这是疫情暴发的起点 ， 并被怀疑是新冠病毒的起源 。
首先 ， 对于两个样品 ， 病毒的共有序列相同 ， 所有四个通过感染者四选择标准的宿主内变异在感染者七中都没有检测到 。 研究者进一步将研究范围扩大到MAF≥2％的所有变异 ， 并得到至少3个读段的支持 。 通过这样做 ， 研究者检测到两个样本之间共有7个变异（共25个） 。
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但是 ， 感染者四和感染者七中的MAF与其他样品中的MAF相似 ， 这表明这些位置要么容易出错 ， 要么容易突变 。 因此它们不能支持这些变异的传播 。
同时 ， 在所有84个宿主内部变异中 ， 只有3个在种群数据中是多态的（位置7866 G / T；27493 C / T；28253 C / T） 。 这种少量的重叠也表明宿主内变异很少传播给其他样品 。 但是 ， 不能排除当前数据库低估了种群中序列多样性的可能性 。
研究团队在讨论中还提到 ， 在本研究的单个传播事件中 ， 研究团队没有发现多种毒株传播的证据 。 然而 ， 尚不清楚这些宿主内变异是发生在传播之前还是传播之后 ， 这也会产生不同的结论 。 此外 ， 传播可能会遇到瓶颈 ， 这也可能导致多样性的丧失 。
没有发现新冠患者中有任何特定的微生物群模式
除病原体外 ， 肺部的其他微生物群 ， 也与疾病的易感性和严重性有关 。 肺微生物群的改变可能会改变针对病毒和继发性细菌感染的免疫反应 。 因此 ， 了解包括可能引起继发感染或对黏膜免疫系统产生影响的细菌的微生物群 ， 可能有助于预测并减少并发症 。
黏膜免疫系统 ， 指广泛分布于呼吸道、胃肠道、泌尿生殖道粘膜下及一些外分泌腺体处的淋巴组织 ， 是执行局部特异性免疫功能的主要场所 。
总体来说 ， 新冠病毒感染者、社区获得性肺炎患者和健康组之间的微生物群组成存在显着差异（R2=0.07 ， p=0.001） 。
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但是 ， 某些新冠病毒感染者的样本聚类分析表明：某些样品的微生物群比较贫乏 。 除去有问题的样本后 ， 研究仍然发现新冠病毒感染者和社区获得性肺炎患者均与健康对照组不同（新冠病毒感染者与健康组：R2=0.45 ， p =0.001；社区获得性肺炎患者与健康组：R2=0.10 ， p=0.002） ， 这表明他们的肺部菌群发生了微生态失调 。 微生物群可分为三种不同类型 。 特别是 ， 群集I中的微生物群主要由可能的病原体所致 ， 而其他群集中的微生物则更为多样 。
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通过进一步调查每个群集的种类 ， 研究团队发现 ， III型细菌主要是在口腔和呼吸道中经常观察到的共生菌 ， 而II型细菌则主要是环境微生物 ， 因此高度怀疑这其实是受到了污染 。 因此 ， 微生物群要么富含病原体（I型） ， 要么富含共生菌（III型） ， 或者由于低微生物载量低而无法确定（II型） 。
在所测的八个感染者中 ， 六个新冠病毒感染者样品中的微生物群是富含病原体的 ， 而其他两个样品则富含共生菌 。 此外 ， 两个宿主内新冠病毒变异数量过多的新冠病毒感染者样品（感染者二、感染者六）均为富集病原体的 。
论文提到 ， 病毒的压倒性优势可能与更高的复制率有关 ， 并且还可能潜在地刺激针对该病毒的强烈免疫反应 ， 在这种情况下 ， 预期会发生过多的宿主内突变 。 但是 ， 由于该分析仅包括8名新冠病毒感染者 ， 并且绝对微生物载量尚不清楚 ， 因此需要更多数据进行进一步研究 。
研究者们讨论指出 ， 除了肺炎组的微生物多样性明显低于健康对照组的特点外 ， 他们没有发现新冠肺炎患者中有任何特定的微生物群模式 ， CAP患者中也没有 。 一个可能的原因可能是肺炎患者使用了抗生素 。 然而 ， 这并不适用于所有肺炎样本 ， 因为在一些样本中发现了相当比例的细菌 ， 包括2例新冠肺炎患者 。
目前已知的是 ， 病毒感染 ， 尤其是呼吸道病毒的常见并发症 ， 继发性细菌感染往往导致发病率显著增加 。 因此 ， 部分新冠肺炎患者BALF中细菌水平升高可能增加继发性感染的风险 。 在临床资料中 ， 新冠肺炎患者的继发性感染率在1%-10%之间 。 然而 ， 细菌相对丰度/效价与感染之间的定量关系尚不清楚 。


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