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2、分类不同 。现代大致将酒曲分为五大类，分别用于不同的酒 。它们是麦曲，小曲 ， 红曲，大曲 ， 麸曲 。而目前已知有1000多种酵母，根据酵母菌产生孢子的能力 ， 可将酵母分成三类 。
3、菌种不同 。酒曲用的是曲霉 。在经过强烈蒸煮的白米中，移入曲霉的分生孢子，然后保温，米粒上便会茂盛地生长出菌丝，即酒曲 。而酵母里的菌种就是酵母，它是一种单细胞真菌，并非系统演化分类的单元 。
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酒曲是什么菌种：
1、酒曲中的菌种以酵母菌为主，它具有酿酒、制作豆酱等用途 。
2、按制曲原料进行区分 ， 其原料以稻米、小麦为主，也称米曲、麦曲 。米曲的种类较多，用米粉制作称为小曲，用蒸熟的米饭制作称为红曲、米曲（米曲霉）、乌衣红曲 。
3、现代大致将酒曲分为5大类，分别为小曲、大曲、麦曲、红曲、麸曲 。小曲主要用来酿造黄酒、小曲白酒；大曲可用来酿造蒸馏酒；麦曲主要用来酿造黄酒；红曲主要用来酿造红曲酒；麸曲是用纯种霉菌接种以麸皮为原料的培养物，可代替部分小曲、大曲 。
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