沫言|ImageJ进行荧光强度测量
导言ImageJ是一个很强大的图片处理工具 , 那么对于我们平时拍的带有荧光色彩的图片 , 想要测量荧光的强度用来进行定量描述 , 这些都可以用ImageJ来进行完成 , 如下图所示 , 我们可以对其进行荧光强度测定 。
软件FIJI
公众号后台回复FIJI , 即可获得软件
图文教程1. 这里我们使用软件内置的图片进行教程的素材 , 选择荧光细胞的图片进行接下来的分析 。
2. 首先将图片进行拆分成单通道的图片才可以进行测量 , 先点击更改通道 。
3. 然后点击拆分通道
【沫言|ImageJ进行荧光强度测量】4. 就会出现三个通道的图片
5. 我们选中第一个图片C1 , 选择阈值
6. 选择默认值 , 勾选Dark background , 如果觉得没选中或者选的不好 , 可以调节上下两个滑动的按钮进行选择 , 或者选择其他算法 。
7. 此时图中的荧光就会被选中 。
8. 接下来我们选择要测量的指标 , 选择Analyze里面的设置测量参数 。
9. 勾选平均密度值 , 限定到阈值 , 展示标签即可 。 因为我们所测量的面积 , 是通过threshold产生 , 以此来确定我们所需要的测量的选区 , 所以需要勾选Limited To Threshold , 同时有C1 , C2,C3多张图片在测量 , 所以把Display Label也勾选上 , 以此进行区别 。
10. 然后 , 我们点击一下测量 , 看看结果 。 或者直接按快捷键Ctrl+M , 即可进行测量 , 此时就会出现我们需要的C1区的荧光强度 。
11. 同理 , 我们进行C2和C3的测量 , 得到结果 。
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