北京新冠病毒序列公布，有哪些值得关注的信息为啥说病毒可能已经传播了一段时间
6月18日晚，中国CDC网站发布消息，已经共享了三条来自6月11号，采集自北京新发地市场疫情相关的病毒信息到NMDC（国家微生物科学数据中心）。其中2条信息来自人体样本，一条来自环境样本。
就是截图里这3条，这三条数据已经共享给了GISAID，感兴趣的同学可以直接下载这三条数据了。
不过就在我写这篇文章的同时，我顺手搜了下NMDC的最新信息，发现已经上传了8条测序结果了。
其中包含2个环境信息（市场地漏及市场案板），其余都是人类感染的信息，目前好像只能以邮件申请的方式来申请这些数据，没有被公开，不过估计也很快了。
所以还是只能来看昨天晚上上传的3条测序结果。
首先不太确定这2个人类的感染者的信息，也无法确定环境样本的信息。不像我刚看到的，标记出了样本采集地点，这里边的的测序结果里只写了是环境样本。
【北京新冠病毒序列公布，有哪些值得关注的信息为啥说病毒可能已经传播了一段时间】 而关于这个三个样本的生信分析也有机构在昨天晚上第一时间就做好了，就是Nextstrain做的。
nextstrain也是一个开源项目，概括来说就是GISAID提供了大量的共享的基因组序列，而nesxstrain提供了一个生信分析的工具。所以GISAID + GitHub + Nextstrain是与国际疫情接轨的重要手段。
在中国CDC把序列信息上传到GISAID后，Nextstrain第一时间进行了分析，连发了6条推特，第一条内容，就这3个序列的演化树的位置，如图所示。
所以这很明显处在了20B分支下的最远端的位置上，那么图中的20B又是个什么概念呢？
目前我们认为病毒有大的5个方向的突变演化，被定义为19A，19B，20A，20B，20C。
我们把这个表换一个画法就可以得到下图。20B就是左上角的部分，可以看出来这是一个非常独立的分支。
而我们把分型转成国家分部后可以看到。
20B并不是中国主要的病毒类型，中国本土最多的还是19A和19B（上图深蓝色部分）。
通过Nextstrain在数据库中的对比发现，此次感染的样本更接近于，捷克共和国，台湾，希腊和葡萄牙。
Nextstrain的数据库不光可以比对全球信心，还可以分大洲来比对信息，功能很强。
所以Nextstrain对北京这次报告的3条测序结果，分别在亚洲和欧洲2个区域进行了比对，得到了如下的结果。
在上边的亚洲版本比对中，除了刚才提到的捷克和台湾地区以外，接近的还有来自丹麦，哥伦比亚，以色列和奥地利的地区的病毒序列。
而上图的欧洲版本比对中，不单有捷克和丹麦的序列，其中甚至距离葡萄牙和瑞典和只有1个突变序列变异。
这也验证了我们前边的说法，这个病毒确实是来自于欧洲方向。
同时值得注意的是，这3个样本之间已经发生了某些程度上的变异。
也就是其中一个患者于其周围环境采集到的病毒突变更接近，而另外一个患者的病毒序列与他们相隔了一段距离。
舒兰那次所有感染者的病毒测序相似度都非常高，接近99%，可以理解为这是单一的传染源头。而北京的3个样本就产生了这个差距，这代表着，这种病毒可能已经默默的在当地传播了一段时间，才能产生突变。
当然还有一种可能。最近看到的报道，欧洲多个肉类加工和屠宰企业产生爆发性的感染问题，那么是否存在这样一种可能，就是这次病毒的感染，并不是单一的源头的感染，我前边一直在说冷链的问题，假设冷链的产品被污染，那么污染源是一个还是多个？或者是多批次冷链产品被污染？如果是这样的情况，就可以解释为什么病毒序列结果有这么都的差异。因为在感染源头上就有多个接近但是有差异的源头。
以上这些序列信息的分析，基本就是补充了我前边文章的，为什么说病毒感染源头是来自欧洲方向的内容，但是还是一样的情况，没法通过这个序列分析就得到病毒确切的源头，原因我写在前文里了。大家有兴趣的话可以结合着一起来看。
冷哲：北京爆发的疫情源头到底是不是欧洲冷链带过来的？
■网友的回复
在4月21日的一篇日记《详解病毒基因序列追踪流调大法》里面，我曾经提到过病毒序列共享和Nextstrain这个计划。
一场流行病暴发以后，世界各国的科学家们都会测序新收集到的病毒样本。因为疫情紧急，很多科学家会把尚未发表的病毒基因序列上传到一些共享数据库 (例如GISAID)，和全世界共享。
西雅图弗雷德·哈钦森癌症研究中心的Trevor Bedford等病毒进化专家团队组织了一个名为Nextstrain的项目。科学家们会尽快去把共享的病毒序列下载到Nextstrain的后台，将这些序列纳入全球传播地图，并在http://nextstrain.org上公布新冠病毒的基因组流行病学的最新信息，更新病毒家族树谱。
Nextstrain软件平台在过去几年逐步开发完善，曾应用于埃博拉、Zika和季节性流感等疫情，旨在让基因组流行病学在疫情期间尽快地发挥作用。今年它也在时刻更新新冠病毒的传播信息。
今天，Nextstrain的twitter公布了新的3条新冠病毒基因序列，均来自最近北京暴发的病毒样本。这3个样本采集于2020年6月11日，两个来自于感染者，一个是环境采样。由中国疾控中心病毒病预防控制所(NIVDC）快速测序并且在GISAID共享。
这3个序列落在一个进化簇中，该簇包含了很多来自欧洲的样本(图1，上下两幅)，和2020年3月19-20日采样的3个输入北京的病毒的基因序列很不一样。
图1 全球新冠病毒家族树谱。上图以取样时间为横坐标，下图以突变的数目为横坐标。（点击看大图）
在全球架构中，和这3个北京的序列最接近的序列来自捷克、中国台湾、希腊和葡萄牙（图2）。因为Nextstrain最近精简了数据库里的很多重复的序列，还不能确认北京的病毒到底来自什么地方。
图2（点击看大图）
如果按地区分布看，在亚洲架构中（图3），北京的序列和来自捷克、中国台湾、丹麦、哥伦比亚、以色列和奥地利的序列很接近。
图3（点击看大图）
在欧洲架构中（图4），北京的序列和来自捷克、丹麦等许多欧洲国家的序列很接近，其中和来自葡萄牙和瑞典的基因序列只相差1个突变。
图4（点击看大图）
因此从基因序列分析来看，北京最近传播的新冠病毒与欧洲流行的病毒有关。但是因为与许多国家/地区的序列类似，还无法定论它可能起源于何处，何时传入北京的。
最后，最重要的一点，北京的3个病毒基因序列虽然接近，但都不相同。样品 (1) 和样品 (2、3) 之间已经有两个突变 (图5)。其中第一步突变（A29694C）样品（2、3）都有，但是第二步突变是不一样的 (C12085T和A11910G)。这暗示了在暴发之前，新冠病毒可能已经在北京社区里默默传播了一段时间。因为新冠病毒的变异速度不算快，平均每月突变两次。如果是一个点 (新发地市场) 短时间内的暴发，病毒的基因序列很大可能是一样的。
图5（点击看大图）
以前的日记里面也讲过 (详见《开棺验尸：各国到底何时起出现新冠病毒感染 | 117疫情观察》)，世界很多地区，例如美国的西雅图和纽约，法国巴黎等，新冠病毒都是在社区里默默地、不被人们所意识到地传播了1-2个月，才引起了全面的暴发。北京的新冠病毒的社区传播可能也在1-2个月之前就开始了。
参考文献
https://mobile.twitter.com/nextstrain/status/1273642115826880512
■网友的回复
新冠病毒的突变也许比我们预想的更多！在短短两个月的时间内，全球以D614病毒株为主的疫情就变成了以G614为主，并且这个突变是位于大多数在研疫苗依赖的刺突蛋白。
这个点突变是否影响到疫苗的成败？这其实是个玄学问题。这就好比，你家汽车的发动机里有一个螺母松动了，会不会影响驾驶呢？没人说得准，有可能你这车继续开个几万公里都没毛病，也有可能没过几天就爆缸了。
初步控制疫情，可以靠国家的严格隔离和做好个人的卫生工作，但长远来看，还是需要依靠疫苗！只有疫苗才能实现真正意义上的「群体免疫」，从而遏制病毒扩散！
新冠疫情已经持续数月之久了，我们早已不是一开始的一无所知了。我们在12月底就完成了病毒基因组测序，我们制定了多版可靠的诊疗方案，我们深入分析了病毒的分子结构，我们获得了多种抗病毒药物的临床数据，我们已经有了高效并且可以大规模测试的核酸试剂盒。
但是无论在任何时候，我们都不要轻视新冠病毒，也不要妖魔化他国的防控策略。目前全人类的头号敌人是病毒，而这个敌人，比我们预想的更加强大！！！
■网友的回复
不传谣 不造谣 不信谣
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