科学家开发出新型组合式单细胞CRISPR筛选技术
作者丨小柯
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美国普林斯顿大学BrittAdamson、加州大学旧金山分校JonathanS.Weissman等研究人员合作取得一项新成果 。
他们开发出直接向导RNA（sgRNA）捕获和靶向测序的组合式单细胞CRISPR筛选技术 。
2020年3月30日 ， 《自然—生物技术》在线发表了这一成果 。
研究人员报道了直接捕获Perturb-seq ， 这是一种通用的筛选方法 ， 其中表达的sgRNA与单细胞转录组一起测序 。
直接捕获Perturb-seq可检测单个细胞中多个不同的sgRNA序列 ， 因此可将合并的单细胞CRISPR筛选轻松与包含双向导表达载体的组合扰动文库配对 。
研究人员证明了这种方法对遗传相互作用高通量研究的实用性 ， 并利用这种能力 ， 剖析了胆固醇生物发生与DNA修复之间的上位相互作用 。
使用直接捕获Perturb-seq ， 研究人员还发现 ， 针对每个细胞具有多个sgRNA的单个基因 ， 这一技术可以提高CRISPR干扰和激活的效率 ， 从而有助于将紧凑、高效的CRISPR库用于单细胞筛选 。
最后 ， 研究人员证明了基于杂交的靶标富集能够对来自单细胞RNA-seq实验的有用转录本进行灵敏、特异的测序 。
据了解 ， 单细胞CRISPR筛选可以探索哺乳动物的基因功能和遗传调控网络 。
但是 ， 由于依赖于单个sgRNA的间接索引 ， 该技术的使用受到了限制 。
相关论文：
https://www.nature.com/articles/s41587-020-0470-y
小柯报道：
【科学家开发出新型组合式单细胞CRISPR筛选技术】http://paper.sciencenet.cn/htmlpaper/2020/4/20204117285145955692.shtm
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