单细胞测序立功:同济大学研究证实 , 武汉新冠病毒更易感染亚裔 , 尤其是亚裔男性2020-01-30 15:30
(图片来源:摄图网) 作者|iBioWorld 来源|iBioWorld(ID:ibioworld) 疫疾无情 , 人间有情 。 武汉肺炎疫情形势严峻 , 在全国范围内 , 不仅仅是医护工作者在前线战斗 , 广大的科研工作者也在争分多秒地对2019-nCoV进行研究 , 希望尽快从根本上了解这一病毒并寻找战胜它的方法 。 近日 , 同济大学附属东方医院的左为团队在 bioRxiv 上在线发表了一篇题为:Single-cell RNA expression profiling of ACE2,the putative receptor of Wuhan 2019-nCoV 的论文 。 该研究通过单细胞测序RNA-Seq技术发现:武汉新冠病毒(2019-nCoV)的受体ACE2在亚洲男性肺泡细胞中高表达!换句话说 , 仅从病毒受体方面分析 , 亚裔人群可能更容易感染武汉新冠病毒 , 尤其是亚裔男性 。
2019年12月 , 武汉华南海鲜市场爆发不明原因肺炎 , 经过病原体分离诊断及二代测序分析 , 该不明原因肺炎是由一种新型冠状病毒(2019-nCoV)引起的 。 值得注意的是 , 2019-nCoV与SARS-CoV具有较高同源性 , 后续研究也证实两种病毒通过相同的受体入侵人体——血管紧张素转换酶2 (ACE2) 。 目前的统计数据表明2019-nCoV感染患者大多为亚裔男性 , 虽然这与病毒爆发的地区密切相关 , 但是2019-nCoV的受体ACE2作为一种基因的表达产物 , 是否在不同性别以及不同族裔人群中存在表达差异性 , 从而影响2019-nCoV乃至类似冠状病毒的易感性呢?在本研究中 , 研究人员通过单细胞RNA-Seq技术证实这一猜想 。
图为2019-nCoV的S-蛋白与人ACE2结合的预测模型 2019-nCoV的严重感染可导致急性呼吸窘迫综合征(ARDS)和败血症 , 最终导致患者死亡 。 先前的研究表明 , 2019-nCoV与人呼吸道接触后 , 病毒的刺突蛋白(spike protein)便与敏感细胞的表面受体ACE2结合 , 后者介导病毒进入靶细胞以进一步复制 。 尽管2019-nCoV与ACE2的结合强度弱于SARS-CoV , 但仍远高于病毒感染所需的阈值 。 受体的表达和分布决定了病毒感染的途径 , 而感染的途径对于理解发病机理和设计治疗策略具有重要意义 。 有研究表明ACE2主要在Ⅰ型和Ⅱ型肺泡上皮细胞(AT1和AT2)中表达 。 因此 , 研究者对在线数据库中的8名正常的肺移植捐献者的肺组织进行了单细胞RNA测序技术(scRNA-Seq) 。 他们分析了43134个细胞 , 并进行了聚类分析 , 又针对每个个体 , 基于标记基因而划分为8-11个不同的细胞簇 。
紧接着 , 研究者分析了ACE2在每个个体中的细胞类型特异性表达模式 。 对于所有供体 , ACE2在所有人肺细胞中的表达率为0.64% , 大多数ACE2表达细胞(平均83%)是AT2细胞(平均1.4±0.4%的AT2细胞表达ACE2) 。 其他表达ACE2的细胞类型包括AT1细胞、气道上皮细胞、成纤维细胞、内皮细胞和巨噬细胞 。 然而 , 它们表达ACE2的细胞比率较低 , 且在个体间存在差异 。
为了进一步了解表达ACE2的AT2特殊细胞群 , 研究者进行了基因本体富集分析 , 通过与不表达ACE2的AT2细胞进行比较 , 从而研究哪些生物学过程与该细胞群体有关 。 令人惊讶的是 , 多个病毒过程相关的生物学过程与之存在联系 , 包括“病毒过程的正向调节”(P值=0.001)、“病毒生命周期”(P值=0.005)、“病毒组装”(P值=0.03)以及“病毒基因组复制的正调节”(P值=0.04) 。 在ACE2表达的AT2中高度表达的病毒过程相关基因包括:SLC1A5、 CXADR和CAV2等34个基因 。 因此 , 2019-nCov似乎已经极其巧妙地进化到劫持AT2这一细胞群体 , 以便其复制和传播 。 研究者进一步探究了供体特征及其ACE2的表达模式的关联性 , 但未检测到ACE2表达细胞数与捐献者年龄或吸烟状况之间的关联 。 然而值得注意的是 , 2名男性供者的ACE2表达细胞比例高于其他6名女性供者(1.66% vs. 0.41%) 。 此外 , ACE2在男性供者中的分布也比女性更广泛:男性肺中至少有5种不同类型的细胞表达ACE2受体 , 而女性肺中仅有2~4种 。 这一结果与疫情调查结果高度一致 , 调查显示 , 确诊的2019-nCov感染患者大多为男性 。 研究人员还注意到 , 唯一的亚洲供体(男性)的ACE2表达细胞比率远高于白人和非裔美国人的供体(2.50% vs. 0.47% of all cells) 。 这也许可以解释为什么2019-nCoV大流行以及SARS-CoV大流行都集中在亚洲地区 。 总而言之 , 该研究通过单细胞RNA测序技术以单细胞分辨率报道了ACE2在人肺中的RNA表达谱 , 并经过统计分析表明ACE2受体与性别和族裔相关 。 客观解释了当前2019-nCoV男性感染患者较多的临床统计数据 , 同时也解释了2019-nCoV在亚洲地区大流行的生物学原因 。 值得一提的是 , 该研究分析的样品过少 , 仍有待进一步研究确认 。 论文链接: https://doi.org/10.1101/2020.01.26.919985
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