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全球科学家正努力从病毒基因组中寻找爆发源头

全球科学家正努力从病毒基因组中寻找爆发源头

attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct…… 这一串看上去像乱码的字符 ， 其实是2019年新型冠状病毒（2019- ncov）的病毒病原体DNA序列片段 。 这个新型冠状病毒引起了全世界的关注 。 科学家们纷纷公开分享来自患者的完整病毒序列 ， 根据全球流感共享数据库(GISAID,Global Initiative on Sharing All Influenza Data) ， 已有53个病毒序列被公布 。 据《科学》杂志1月31日报道 ， 全球的科学家们正在对这些病毒基因组进行深入研究 ， 试图了解2019-nCoV的起源 ， 以及它在蝙蝠及其他物种中发现的相关病毒系谱上的位置 。 他们还公布了新型病毒的物理样貌 ， 它是如何变化的 ， 以及它如何可能被阻止 。 类蝙蝠病毒变异为新型冠状病毒可能花了几十年时间 “（从病毒序列中）得到的最大信息之一是 ， 病毒先进入人体 ， 然后开始在人与人之间传播 。 ”西雅图华盛顿大学的生物信息学专家特雷弗·贝德福德说 。 目前 ， 中国武汉华南海鲜批发市场在新型冠状病毒传播中的作用仍然不明确 ， 但根据DNA序列 ， 结合对市场环境中病毒存在情况的采样 ， 它的确在疫情扩散早期发挥了重要作用 。 2019-nCoV总共有近29000个核苷酸碱基 ， 这些碱基携带着产生这种病毒的遗传指令书 。 当第一个2019-nCoV病毒序列出现时 ， 研究人员将其放在已知的冠状病毒系谱图上 ， 发现该序列与蝙蝠的亲缘关系最为密切 。 1月23日 ， 武汉病毒研究所石正丽的研究团队在bioRxiv发文 ， 2019-nCoV病毒序列与蝙蝠冠状病毒RaTG13有96.2%相似性 ， 与SARS病毒有79.5%相似性 。 SARS冠状病毒与蝙蝠冠状病毒RaTG13也有着类似的密切关系 ， DNA序列数据有力地证明 ， SARS冠状病毒是从果子狸进入人体的 ， 因为果子狸体内的冠状病毒与人体内的SARS病毒间的差异仅为10个核苷酸 。 这就是为什么许多科学家怀疑在蝙蝠和2019-nCoV病毒间存在一个或多个中间宿主物种的原因之一 。 根据贝德福德的分析 ， 石正丽团队强调的蝙蝠冠状病毒序列RaTG13 ， 与2019-nCoV有近1100个核苷酸的差异 。 在他创建的网站nextstrain.org上 ， 贝德福德创建了冠状病毒家谱 ， 其中包括蝙蝠、果子狸、SARS和2019-nCoV序列 。 贝德福德对RaTG13和2019-nCoV的分析表明 ， 这两种病毒在25至65年前有一个共同的祖先 ， 这是他通过结合病毒之间核苷酸的差异和其他冠状病毒的假定突变率得出的估测 。 因此 ， 类RaTG13病毒变异成为2019-nCoV病毒可能花了几十年的时间 。

全球科学家正努力从病毒基因组中寻找爆发源头

▲2019年新型冠状病毒（2019- ncov）示意图 。 图据《自然》杂志 找到病毒在何时何地首次进入人体 极为重要 一种病毒在人群中传播的时间越长 ， 它就有越多的时间在受感染人群中产生变异 ， 从而区分其病毒株 。 鉴于迄今为止分析的2019-nCoV序列彼此之间最多有7个核苷酸的差异 ， 这表明它是最近进入人类体内的 。 但究竟是哪种动物将病毒传播给人类仍然是个谜 。 美国国家过敏和传染病研究所的病毒学家文森特·蒙斯特说：“在蝙蝠身上发现的病毒与现在从人类身上分离出来的病毒之间有一个很大的灰色区域 。 ” 据《中国新闻周刊》报道：1月29日权威医学期刊《新英格兰医学杂志》(NEJM)官网发表的题为《新型冠状病毒感染的肺炎在中国武汉的初期传播动力学》的论文显示：论文收集了截至2020年1月22日已报告的425名实验室确诊NCIP（新型冠状病毒肺炎）病例的人口统计学特征、接触史和疾病时间表的信息 。 这425名NCIP确诊病例中 ， 中位年龄为59岁 ， 男性为56％ 。 到2020年1月1日之前发病的大多数病例（55％）与华南海产品批发市场有关 ， 而随后的病例中 ， 这一比例为8.6％ ， 平均潜伏期为5.2天 。 在早期阶段 ， 疫情每7.4天就扩大一倍 。 人传人率估计为2.2 。 据悉 ， 这篇由中国疾控中心、湖北省疾控中心、香港大学等十几家单位数十位学者联名撰写的论文 ， 现在仍显示在NEJM官网首页 。 根据新华社报道 ， 中国疾控中心病毒病所在进行新型冠状病毒溯源研究时 ， 首次从武汉华南海鲜市场的585份环境样本中 ， 检测到33分样品含有新型冠状病毒核酸 ， 并成功在阳性环境标本中分离病毒 ， 提示该病毒来源于华南海鲜市场销售的野生动物 。 对此 ， 悉尼大学进化生物学家爱德华•霍姆斯也有相似看法 。 他表示 ， 来自市场的阳性检测结果非常重要 。 如此高的检测阳性率强烈暗示 ， 市场上的动物在病毒的出现中扮演了关键角色 。 然而 ， 目前还没有相关预印本或官方科学报告哪些动物被检测出阳性 。 斯克里普斯研究所的进化生物学家克里斯蒂安·安徒生说：“除非能始终如一地把病毒从单一物种中分离出来 ， 否则很难确定自然宿主是什么 。 ” 石正丽的长期合作者、生态健康联盟的疾病生态学家Peter Daszak说 ， 找出是什么引发了当前的疫情 ， 这不仅仅是出于“好奇的兴趣” 。 “如果我们找不到源头 ， 它仍然可能在某个农场中引发严重感染 ， 一旦疫情结束 ， 可能会出现持续的溢出效应 ， 难以阻止 。 但关于它的真正起源 ， 目前还没有定论 ， ”他表示 。


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